袋式生产常碰到的一个问题是头二潮菇的密度非常高，采收困难，蘑菇品质下降。试验发现，覆土层厚4～5cm时，加发菌料～0克/㎡，对产量无明显影响。但发菌料用量较高时，覆土层的菌丝较致密，导致出菇困难。较早和较厚的覆土，克服了这一问题，两种处理均获得满意的产菇率。但早覆土料温易升高，须注意通风降温。

比较塑料袋覆土厚度对早期产量和总产量的影响，最佳覆土厚度是5cm。

袋式或块式生产不同于其它生产体系，堆肥包在塑料袋或膜中，限制了堆料内部的空气交换。另外，单位生产面积用料较多，如0.14㎡生产面积的袋内装25kg堆料，而在一般木架床式生产体系中，同样的生产面积仅需上述堆料的一半。因此，袋式生产或块式生产要求堆肥不能过于腐熟，塑料袋内料层深度超过46cm，密度超过㎏/㎡，产量显著下降。这与堆肥的物理特性如料的松密度、腐熟度有一定关系。一般来说，稍微干燥、密度较低、疏松结构的堆肥适用于袋式生产或块式生产。